Reworked some parts of the MachineContext to make its status clear.

While this is much better at tracking the status, Eclipse is still
"greedy" about the information that can be tracked concerning projects.
The current handling allows for more detailed listening to the machine
context status, and detects deleted or closed projects and "deactivates"
their machines. In addition to that, the machines get initialized in a
lazy way, as they are needed. This is currently done be requesting an
active machine, as putting it into getActiveMachine() caused troubles
with the SimulationViewEditor's recreate being called double (once
during get, and then as listener). This is not near an optimal solution
right now, but works reasonably well.

Fixed the MograsimBuilder a bit, but it will likely get removed

Documented the ProjectMachineContext

Reordered the disposal of the old resources, because of errors

Apparently this was able to lead to "widget disposed" exceptions, and
for some reason the old canvas sill stays at it's place, causing two
canvases side by side.

Added comment on MachineRegistry

Modified README.md a bit; deleted build_from_source.txt

Removed the clock ManualSwitches and made the clock slower

BZ/PC and IR now get written at the rising clock edge

to make timing requirements less strict

Reserialized components

Made Am2900 memory reads work if Am2901Dest=QREG ...

at the expense of U forming shortly in the D bus when the second cycle
of a read starts, if the D bus is used in the first cycle; due to the
memory controller's TriStateBuffers being en- and disabled earlier than
the other TriStateBuffers writing to the buses.
U also forms in the D bus when the cycle after the second one of a read
starts, but this is due to the RAM chip shortly outputting U due to the
address changing to X, because the A bus holds Z in the second cycle of
a read.
Writes don't have these kind of problems since the memory controller
obviously doesn't output anything on the D bus when writing.

Fixed two small bugs in the two Delegating...Handlers:

1. DelegatingSubcomponentHighLevelStateHandler#getParamsForSerializing
now throws a meaningful exception when the delegate target was destroyed
2. Both now support serializing delegating to the parent

HLSShell now closes when the according LogicUICanvas is disposed

Adjusted default HLS debug shell depth

Removed model.am2900 from plugin.core's required bundles

IndirectModelComponentCreator now supports clearing the component cache

SimulationViewEditor now reacts better to machine changes

setViewerInput now is much faster and doesn't cause text to flicker

Made clock overridable by a ManualSwitch

Reserialized components

SVE now supports context changes better (untested)

Re-added instruction preview to SimulationViewEditor

Fixed an exception being thrown when the application exits

SimulationViewEditor now supports machine context changes (untested)

Merge remote-tracking branch 'origin/development' into development

# Conflicts:
# plugins/net.mograsim.plugin.core/src/net/mograsim/plugin/views/LogicUIPart.java

Switched BooleanEditingSupport back to ´CheckBoxCellEditor

Numbers in MemoryView and mpm editor now have leading zeros

Made simulation view / LogicUIPart to an Editor

Made infinite depth for HLS combo selectable in Eclipse preferences

Merge branch 'development' of
https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into
development

Conflicts:
plugins/net.mograsim.plugin.core/src/net/mograsim/plugin/views/LogicUIPart.java

Made HLSShell component combo box shorter

Added Step by step execution to LogicUIPart

Added clock to Am2900

Improved error handling when opening and saving .mpm files

Merge remote-tracking branch 'origin/development' into development

Added the two Combos mentioned in the prev. commit to test them.

While one is only there for experiments, the other can later be used to
switch active projects.

Tool class for creating Combos that allow to select machines/projects

Fixed detection problems with ProjectMachineContext

Other problems still remain; e.g. PRE-CLOSE et al. makes the listeners
unable to detect a closed project, because it was not yet marked as
such. There should also be a register of open, but currently unused
projects.

Marked old MachineContext deprecated

Renamed the simulation view in the plugin.xml (had a "view1" id)

Added listener and event structure to ProjectMachineContexts

Allow to listen for changes in the MachineRegistry

Renamed method to its actual function

Added id to machine definition (was only set in the extension point)

MachineRegistry will check for consistency

Made InstructionTable a bit easier to use

Create a new machine when a MachineContext is used and has a definition.

This might be refined in future to a somewhat more lazy creation, but
for now it fixes the bug that a machine context has no machine at the
start, and it is not clear, when else it should be created.

Added missing call to super.dispose()

Updated to new SWTHelper version

Project now correctly identified from file

Switched Instruction View to project associated MachineContext

Added hover text to make clear that pressing running will pause the sim.

This might still need a better solution from an UX perspective

Added logo resources to the core plugin

Added NewWizard for mpm files and fixed mpm content binding

Merge branch 'development' of
https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into
development

Conflicts:
plugins/net.mograsim.machine/src/net/mograsim/machine/mi/MicroInstructionMemoryParser.java
plugins/net.mograsim.plugin.core/META-INF/MANIFEST.MF

Machine name is no in mpm files

Simulation can now be slowed and paused

Fixed a very stupid bug in InstructionView#highlight

Fixed & extended JavaJsonLineCounter

Fixed crashbug on Gtk

Added a listener system to project specific machine context

Remove empty single line comment in A.M.NatureHandler

Modified InstructionView#highlight

Added javax.inject to plugin.core's MANIFEST

Restructured Mograsim project nature and introduced project context

Merge branch 'development' of https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into development

Added active instruction preview to LogicUIPart

Transferred the simple build instructions into the README

And added a brief description of Mograsim

Updated the description to the final project structure

Removed some more warnings and cleaned more SWT listeners

Cleaned up Editor: removed warnings; cleaned listener system

RAM reads no longer cause X on the data bus:

When a read was triggered (for example setting _ABUS to AB) in the same
cycle as the data bus has a (non-tristate) value, in the next half-cycle
(when C=1), the TriStateBuffer forwarding data from the RAM to the data
bus would already be active, while the data bus still is pulled to the
"old" value, causing X's to occur.

Merge branch 'development' of https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into development

Adapted WordAddressableMemoryTest to work with binary vectors only

Cleaned up memory stuff

Fixed the "Set active" button in InstructionView

WordAddressableMemory will now ignore non-binary BitVectors

Merge branch 'development' of
https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into
development

Conflicts:
plugins/net.mograsim.logic.model.am2900/src/net/mograsim/logic/model/am2900/machine/Am2900Machine.java

MicroInstructionMemory editor can now open and save to files

Corrected RAM control signal timing

Made Am2900 work again in ModelComponentTestbench

Reserialized components

Removed InstructionView as View

Merge branch 'development' of https://gitlab.lrz.de/lrr-tum/students/eragp-misim-2019.git into development

Removed legacy code from ModelSplitter

Removed legacy ModelMerger

Reserialized TestableAm2904

Fixed a javadoc comment in SubmodelComponentSerializer

Removed legacy version line handling from JsonHandler for speedup

Made IndirectModelComponentCreator a bit faster

Removed LegacySubmCompSerializer

Removed overkill version attribute from standardComponentIDMapping

Changed InstructionView into an Editor

Made MicroInstructions immutable

Am2900 now has HighLevelStates

JsonHandler preserves line numbers

Improved preference handling in plugin.core

Introduced some preferences

Renamed net.mograsim.logic.tests to net.mograsim.logic.core.tests

Fixed Clock polarities to values where the Am2900 works

InstructionView now guesses the width of columns better

Fixed Am2900MicroInstructionMemoryDefinition's maximal address